結論
下記のコードで実装可能
<?php echo apply_filters('the_content', do_shortcode('[swell_toc]')); ?>原因
細かくテンプレート化することで、SWELLにおける本文ブロックを使う必要がなかった。
本来ショートコードは本文ブロック内(the_content)に添付する必要があるっぽいので、apply_filters関数を使い、the_contentの中にショートコード(swell_toc)を入力する必要があった。
生じた背景
ACFを使い、記事投稿ページを細かくテンプレート化するカスタマイズをすることで記事を量産したかった。